疾病发展变化是极其复杂的，治疗的方法也是灵活多样的，但仍然是有一些基本原则可以遵循的。这些原则是前人经验的总结，而且是有其哲学基础的。因此，临床治疗应遵循如下基本原则。
一、整体原则
整体原则，就是指在治疗过程中，必须从人体是一个有机联系的统一体这个整体观念出发，在采取一切治疗措施时，都应在整体观念和全局思想的指导下，予以通盘考虑，全面衡量，正确处理好整体和局部的关系。局部治疗必须服从整体治疗，整体治疗也必须兼顾局部治疗，防止“头痛医头，脚痛医脚”的形而上学的治疗方法。整体原则，贯穿于医学理论与实践的各个方面，指导着临床治疗的全部过程。祖国医学在这方面积累了许多宝贵的经验，例如，肝病从肾治，肺病从脾治，脾病从肾治，上病从下治，下病从上治等等，所有这些原则，都是以整体连续的观念为依据，是整体原则的最好体现。
大量的临床事实和经验表明，局部的变化往往是以整体变化为前提，不管是全身表现为主，还是局部症状为主，也不管局部病变是否处于主导地位，都是以整体变化为依据的。因此在治疗上，必须从整体联系的观点出发，拟定合理的治疗方案，才能收到满意的疗效。否则，必然会造成“头痛医头，脚痛医脚”的弊病，严重影响治疗效果。因此，用药的目的，不应仅仅着眼于某一局部的病灶、病源，而应立足于人的整体，着重调节与病因作斗争的整体机能和增强机体抗病能力，以达到使已失调或遭破坏的对立统一体关系恢复相对的平衡。
在疾病的治疗过程中，整体与局部的关系是对立统一的，强调整体是必要的，但是，整体是由若干局部组成的，局部是整体统一中的局部，把整体与局部绝对的对立起来的观点是错误的。例如，疖肿本来是一个局部的问题，如果不及时治疗或错误地进行挤压，就会造成全身性的菌血症，败血症或脓毒血症，严重危害病人的生命，此时，局部治疗则成为当务之急，因此，此时的局部治疗则带有全局的、关键的性质。因此，在治疗中，强调整体治疗的同时，还应注意局部的治疗，把局部的治疗看成是整体治疗的一部分，既要看到整体对局部的制约，又要看到局部对整体的影响，把整体治疗与局部治疗有机的结合起来，“当局则局，应整则整”适时转化，各有侧重，才能提高治疗效果。
二、针对性原则
针对性原则，就是指对疾病要进行具体问题具体分析，按其发生的时间、地点、及患者的性别、年龄和体质的不同，予以区别对待，做到对因治疗及对症治疗。世界上的事物千差万别，只有深刻认识其本质，才能真正认识事物，找到解决矛盾的具体方法。治疗疾病同样需要分析矛盾的特殊性，用不同的方法解决不同的矛盾，治疗不同的疾病。只有这样才能真正做到治疗的针对性。东汉末年名医华佗，给两个头痛、发热的病人，采取两种截然不同的治疗方法，而流传于世。这正是治疗的针对性的典型事例。
治疗的针对性，包含两个方面的内容，一是对因治疗，一是对症治疗。
坚持治疗的针对性原则，首先要做到对因治疗。所谓对因治疗，就是针对引起疾病的原因，所采取的治疗措施。疾病是一定的致病因素造成的结果，根治疾病当然应消除病因才能使疾病痊愈。因此，对因治疗，一直是人类向往的理想治疗方法，是各种治疗方法中首选的治疗方法。也是医学研究的最终目的。
坚持针对性的原则，同样包括对症治疗。所谓对症治疗，就是针对疾病的临床症状所采取的治疗措施。一定的原因造成的疾病都会出现相应的临床症状和体征，这些症状和体征有可能造成病人的痛苦，有的则可威胁病人的生命，针对这些采取治疗措施，可以缓解病情，减轻病人痛苦，控制疾病的发展和恶化，为治疗赢得时间，因此，对症治疗也是临床上经常使用的治疗方法。
临床经验证明，对因治疗和对症治疗，都是必要的。对因治疗能使疾病得到根治，无疑是理想的治疗方法。但是，由于目前医学水平和认识能力的限制，许多疾病的病因并不十分清楚，自然谈不上对因治疗了，有的疾病病因虽然清楚，但无有效的药物治疗，（如许多病毒感染性疾病）此时对症治疗就显得非常有必要了。尤其是当临床症状成为威胁病人生命的时候，对症治疗就是绝对必要了。
对因治疗和对症治疗都属于针对性治疗，在治疗过程中，选择哪一种治疗方法，要根据病情的具体情况恰当而又灵活地运用，只有这样，才能进行有效的治疗，使病人尽快恢复。
三、主次原则
主次原则，实际上就是主要矛盾和次要矛盾这一原理在治疗上的运用。疾病在发展过程中和其它事物的发展过程一样，往往有许多矛盾同时存在，而其中也有一种是主要的矛盾，由于它的存在和发展，规定或影响其它的矛盾和发展。根据这一原理，在治疗过程中，必须识别病变的主要矛盾和矛盾的主要方面，针对病变的性质，分清主次、先后、轻重、缓急，集中力量，突出重点，采取恰当的治疗措施，解决主要矛盾。这就是临床治疗的主次原则。
主次原则对于治疗的成败，关系重大，在治疗过程中，如果抓住了主要矛盾，其他问题将会迎刃而解。因此，在如何处理好主次原则上，应注意以下几个方面的问题。第一，避免主观的随意性。在抓治疗过程中的主要矛盾时，一切要从实际出发，以客观事实为依据，抓住真正的主要矛盾，决不能凭主观想象或经验来决定主要矛盾，否则，将会造成治疗上的严重失误。第二，一般来说，对于垂危病人，抢救病人生命是主要矛盾，其他则为次要矛盾，例如，对于严重的急性喉水肿病人，气管切开，保持呼吸道的通畅是主要矛盾，而切开可能引起感染，术后疤痕影响美观则为次要矛盾，如果因为怕感染或术后疤痕影响美观而犹豫不决，必然会造成严重的失误，甚至导致病人的死亡。第三，应当看到，治疗过程中，主要矛盾和次要矛盾不是一成不变的，在一定的条件下是可以转化的，例如，败血症早期，抗感染治疗是主要矛盾，而当出现重要器官功能衰竭时，保护器官功能则成为了主要矛盾，否则将失去抗感染的物质基础和必要的时间。因此，在治疗的过程中，要根据病情的发展变化，密切注意疾病的主要矛盾和次要矛盾的转化，分清主次，及时调整治疗方案。
在治疗中坚持主次原则，集中力量解决中心环节，适当地对次要矛盾进行处理，做到有主有次，主次兼顾，这是临床治疗应遵循的原则之一。
总之，整体原则、针对性原则、主次原则是临床治疗的三大基本原则，它是以辩证法为基础，是前人的经验总结。了解和掌握临床治疗的基本原则，无论是对于临床上具体的每一个病人的治疗，还是对于临床医生和实习医生的治疗水平的提高都有着重要的指导意义。
